Landkreis Tirschenreuth
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Die Vegetation der Waldnaabaue wird vor allem durch das Mosaik aus Gewässern, Feuchtwiesen und Feuchtwäldern geprägt. Etwa 80% des Kerngebietes sind Biotoptypen zuzurechnen, die nach Riecken et al. (1994) mindestens als "bedroht" einzustufen sind.

Die extensiv genutzten Stillgewässer sind durch eine sehr artenreiche Unterwasser- und Schwimmblattvegetation und durch Verlandungszonen, die teilweise noch die typische Zonierung aufweisen, geprägt. Besonders hervorzuheben sind hier die Vorkommen von Glänzender Seerose, Wechselblättrigem Tausendblatt, Graslaichkraut und Stumpfblättrigem Laichkraut. Durch die unterschiedliche Bewirtschaftung der Teiche können sich teilweise auch Teichbodengesellschaften mit Nadelbinsen entwickeln.

Die Stillgewässer werden oft von breiten Schilfgürteln begrenzt, können aber auch nahtlos in Zwischenmoore, Braunseggensümpfe oder Nasswiesen übergehen. Dagegen weisen die meisten Fließgewässer nur wenig submerse Vegetation auf (z.B. die Waldnaab, deren Sohle vor allem von Granitgrus gebildet wird). Vereinzelt wachsen hier Teichrosen- und Tausendblattgesellschaften, sowie Aufrechter Igelkolben (Sparganium emersum). Die Ufer der Fließgewässer sind typischerweise von Rohrglanzgras (Phalaris arundinacea) und anderen nitrophilen Saumarten bestanden. An den langsam fließenden Gräben, z.B. im Gumpener Trat im Westen des Kerngebietes, wachsen Pfeilkrautgesellschaften.

Das extensiv genutzte Feuchtgrünland ist vor allem durch Braunseggensümpfe (in Geländesenken), Knickfuchsschwanz-Kriechstraußgrasfluren und verschiedene Seggen-Binsengesellschaften sowie artenreiche Fuchsschwanz-Mähwiesen gekennzeichnet. Die Brachestadien entwickeln sich über Mädesüßfluren zu Erlen- oder Weidengebüschen. In den trockenen Übergangsbereichen treten Pillenseggen-Borstgrasrasen und Zwergstrauchheiden auf, in denen unter anderem Buschnelke (Dianthus seguieri) und Arnika (Arnica montana) wachsen.

Die Zwischen- und Niedermoorkomplexe der Kernzone werden von verschiedenen Großseggenrieden, Wollgrassümpfen und Schnabelbinsenrieden gekennzeichnet. In den Moortümpeln wachsen Wasserschlauchgesellschaften. Die Übergangsbereiche zu den Moortümpeln oder zu ehemaligen Torfstichen sind häufig durch flutende Sphagnum-Moose gekennzeichnet.

Die typischen naturnahen Feuchtwälder des Gebietes sind Birken-Kiefer-Moorwälder und Erlenbruchwälder. An trockenen Stellen wachsen bodensaure Weißmoos-Kiefernwälder (z.T. mit Schneeheideausprägung) und Pfeifengras-Kiefern-Eichen-Wälder (teils in Zwergstrauch- oder Flechtenausbildung, teils in Form einer Pfeifengrasvariante). Für das Durchbruchstal der Waldnaab zwischen Falkenberg und Gumpen sind bodensaure Schluchtwälder kennzeichnend.